Фамилия Хруберова — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно образована от мужской формы Хруберов, а та, в свою очередь, от прозвища или фамильного имени Хрубер. Здесь сразу бросается в глаза нерусский корень: сочетание «хр» в начале слова и окончание «-ер» нехарактерны для исконно славянских основ. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке языков.

Самая вероятная версия — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке «Chruber» или «Kruber» могло быть вариантом фамилии, образованной от слова «Kruppe» (круп лошади) или от «Krug» (кувшин, корчма). В таком случае Хрубер — это либо прозвище крепыша, либо корчмаря. Окончание «-ов» — чисто русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей? — Хруберов сын»). Так немецкая фамилия обрастала русским окончанием, когда носитель переселялся в среду русскоязычного населения, чаще всего в Поволжье, Причерноморье или Прибалтику.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что основа восходит к чешскому или словацкому слову «chroust» (майский жук) или «chrbát» (спина, хребет). В этом случае Хрубер — прозвище сутулого человека или того, кто чем-то напоминал жука. Но фонетический переход от «chroust» к «chruber» сложен и не имеет прямых аналогий, поэтому немецкий след выглядит убедительнее.

Фамилия Хруберова практически не встречается в исторических документах до XX века. Это говорит о том, что она либо поздняя (возникла в результате паспортизации в советское время), либо локальная, бытовавшая в узком кругу одной-двух семей немецких колонистов. Её носительницы — скорее всего, потомки переселенцев, которые обрусели, сохранив в фамилии память о западном корне.