Фамилия Хрубилова — женская форма, а мужская, Хрубилов, встречается гораздо реже. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Хрубил, которое могло звучать и как Хрубель. Разбираем слово по косточкам: корень «хруб-» и суффикс «-ил(о)», характерный для имён по действию (ср. Губило, Крутило, Молотило). Это указывает на то, что прозвище дали человеку за его манеру поведения или занятие.

Самая прямая версия — от глагола «хрубить», который в северных и сибирских говорах означал «рубить», «крошить», «ломать с треском». Хрубилом могли прозвать дровосека, лесоруба или просто человека грубого, резкого в общении, «хрубкого» — ломкого, хрупкого на вид, но с крепким нравом. В псковских и тверских говорах «хрубкий» значит «хрупкий», «ломкий», так что прозвище могло быть ироничным — дали его крупному, сильному мужику в насмешку.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «хруба» — так в некоторых областях называли толстую корку хлеба или сухарь. Тогда Хрубил — человек, который любит похрустеть, или же тот, кто печёт хлеб. В пользу бытового, ремесленного происхождения говорит суффикс «-ил(о)»: в древнерусской антропонимике такие имена часто давали по инструменту или действию, а не по внешности.

Фамилия редкая, географически привязана к северо-западу России — Псковщине, Новгородчине, отчасти к Вологодчине. Встречается и в Беларуси, где «хруб» могло быть вариантом слова «хроб» (куст, мелкий лес). Сословно — почти наверняка крестьянская или посадская: фамилии на «-ил(о)» в дворянской среде не приживались. Если искать однокоренных «родственников», то это фамилии Хрубов, Хрубкин и, возможно, Хрусталёв — если в последнем случае выпала согласная, но это уже другая история.