Фамилия Хубайбуллин — один из тех случаев, когда русское окончание скрывает имя, уходящее корнями в арабский мир. Её основа — личное мужское имя Хубайбулла, что в переводе с арабского означает «любимец Аллаха» (от «хабиб» — любимый, и «Аллах»). Это теофорное имя, то есть содержащее отсылку к Богу, — типичная модель для мусульманских культур, где таким образом выражали религиозное чувство и пожелание ребёнку быть под защитой Всевышнего.

Строение фамилии простое: к восточному имени Хубайбулла прибавили русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность. В русской традиции фамилии на -ин образовывали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Хубайбулла → сын Хубайбуллы → Хубайбуллин. Это грамматически верная русификация, закрепившаяся в документах при переписях и учёте.

Интересная деталь — написание. Встречается вариант Хубайбуллов, что было бы более логично для фамилий от основ на согласный, но форма Хубайбуллин прижилась именно из-за конечного -а в исходном имени. Это редкий случай, когда «русский» суффикс подчинил себе арабское слово, не меняя его произносительной привычки.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Челябинская области. Носители — потомки тех, кого в метрических книгах записывали как Хубайбуллиных, то есть выходцев из крестьян или мещан, принявших фамилию по отцу. В дворянских родословных эта фамилия не встречается: её социальный фон — сословия, где фамилии закреплялись позже, в XIX веке, через отчество.

Если сравнивать с однокоренными, то в тех же краях распространены Хабибуллин (от Хабибулла — с тем же значением, но без редукции гласного) и Хубайдуллин (от Хубайдулла — «маленький слуга Аллаха»). Хубайбуллин — более редкий вариант, где первая часть имени (Хубайб) — это уменьшительно-ласкательная форма от Хабиб, что добавляет оттенок нежности: не просто «любимый», а «любименький».