Фамилия Хубайбуллина — женская форма фамилии Хубайбуллин, в основе которой лежит арабское мужское имя Хубайбулла. В переводе с арабского оно означает «возлюбленный Аллаха» или «любимец Бога»: хубайб — уменьшительно-ласкательная форма от слова «хабиб» (любимый, друг), а «улла» — часть имени Всевышнего. Таким образом, имя Хубайбулла — это сложносоставное теофорное имя, распространённое в исламской традиции.

Словообразовательная модель фамилии типична для тюрко-татарских и башкирских фамилий: к имени Хубайбулла добавили русский патронимический суффикс -ин (с вариантом -ын), который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Хубайбуллин, то есть сын Хубайбуллы. Женский вариант — Хубайбуллина — образован по тому же принципу, что и большинство русских фамилий на -ин/-ын. Интересно, что в самой татарской и башкирской среде ударение в фамилии часто падает на последний слог, в то время как в русском языке оно смещается на предпоследний.

Фамилия Хубайбуллин (и её женская форма) особенно распространена среди башкир и татар, а также встречается у представителей других тюркских народов Поволжья и Урала. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего получали семьи мулл, учителей медресе или просто грамотных крестьян, поскольку имя Хубайбулла давали в знак глубокой религиозности — оно считалось почётным и благочестивым. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, эта фамилия несёт прямой религиозный смысл и указывает на духовный статус предка-носителя имени.

Стоит отметить, что в некоторых регионах фамилию могли записывать через букву «у» после «х» — Хубайбуллин, хотя в арабском написании первый слог ближе к «Хубайб». Варианты с «ы» (Хыбайбуллин) встречаются, но реже и обычно связаны с особенностями местных диалектов. Поскольку имя Хубайбулла не было массовым (в отличие от, скажем, Абдуллы), фамилия остаётся относительно редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — предки с такой фамилией, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних аулов, где это имя передавали по наследству.