Фамилия Хубейдулин — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение и отсылают к арабскому миру через ислам. Её основа — личное арабское имя Хубейдулла (вариант — Хубайдулла), что значит «маленький слуга Аллаха» или «раб Божий». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя было распространено как дань религиозной традиции, а уменьшительная форма (с суффиксом -ей-) придавала ему скорее ласковый, чем буквальный смысл. Фамилия образована по русской модели: к основе добавили суффикс -ин, который в восточных фамилиях часто заменял более привычный -ов/-ев, особенно если основа оканчивалась на мягкий согласный или гласный. Так Хубейдулла превратился в Хубейдулина — «сын Хубейдуллы», «из рода Хубейдуллы».

Интересно, что в русской передаче фамилия иногда писалась через «а» — Хубайдулин, но вариант с «е» (Хубейдулин) встречается чаще и закрепился в документах. Географически фамилия почти целиком привязана к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Там она встречается в среде казанских татар и мишарей. Сословно носители фамилии в XIX веке относились к государственным крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от распространённых мусульманских имён без приставки «бек» или «мурза».

В ономастических работах фамилию иногда путают с Хубидуллиным или Хубайдуллиным, но это разные модели: суффикс -уллин (от «улла» — Аллах) даёт другое ударение и значение. Хубейдулин же стоит особняком из-за редкого суффикса -ей-, который в имени указывает на ласкательную форму, а не на прямое указание на рабство. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником из татарской или башкирской деревни, а имя получил от муллы при рождении.