Фамилия Хубейдулина — яркий пример того, как русская модель образования фамилий на -ин/-ына наложилась на арабское по происхождению имя. Основа здесь — мужское имя Хубейдулла (Хубайдулла), которое в свою очередь восходит к арабскому «Хубайдуллах» — уменьшительно-ласкательной форме от «Абдуллах» (раб Божий). Буквально имя означает «маленький раб Аллаха» или «служка Божий», что в мусульманской традиции считается благочестивым и смиренным именем. Таким образом, фамилия Хубейдулина означает «дочь (или жена) Хубейдуллы».

Модель образования типична для восточных фамилий, попавших в русскую среду: к основе на -а (в звучании Хубейдулла) добавляется притяжательный суффикс -ин, а затем окончание -а, указывающее на женский род. Мужской вариант — Хубейдулин. Встречаются и варианты написания: Хубайдуллин, Хубейдуллин, что связано с разной передачей арабских звуков через русскую графику и диалектными особенностями произношения.

Географически фамилия наиболее характерна для татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где исламские имена с корнем «абд» (раб) были особенно популярны. Встречается она и у казахов, но там чаще используется форма Хубайдуллаев. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда начался массовый учёт населения нерусских национальностей.

Интересная деталь: имя Хубейдулла нередко давали в семьях, где хотели подчеркнуть религиозное благочестие или в память о предке-мулле. Поэтому носители фамилии Хубейдулина с большой вероятностью происходят из среды мусульманского духовенства или зажиточных крестьян, дороживших традиционными ценностями. В отличие от многих фамилий, образованных от арабских имён, эта сохранила редкую уменьшительно-ласкательную форму, что делает её особенно узнаваемой.