Фамилия Хубеева — женская форма фамилии Хубеев, и её разбор стоит начать с географии. Эта фамилия почти наверняка имеет осетинское происхождение. В Осетии распространены фамилии, оканчивающиеся на -ев и -ов, образованные от мужских личных имён или прозвищ. Основа «Хубе» или «Хуба» восходит к осетинскому имени Хубе, которое, в свою очередь, связано с тюркским словом «куба» — «бледный», «светлый», «светловолосый». В осетинском языке, испытавшем сильное тюркское влияние, это слово могло закрепиться как личное имя-прозвище для человека со светлыми волосами или кожей, что было отличительной чертой среди более темноволосого населения Кавказа.

Словообразовательная модель проста: к основе Хубе- прибавлен типичный для русских фамилий суффикс -ев, который в осетинской среде прижился как стандартный способ русификации местных фамилий. Мужская форма — Хубеев, женская — Хубеева. В Осетии, особенно в Северной, фамилия Хубеевых встречается в нескольких сёлах, например, в Ногире или Карджине, что указывает на принадлежность к определённым осетинским родам.

Есть и более редкая, но возможная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского мужского имени Хуби (или Хуба), которое в некоторых тюркских языках означает «любимый», «желанный». В таком случае Хубеев — это потомок человека по имени Хуби. Однако осетинский след выглядит убедительнее, учитывая массовый характер фамилий с таким окончанием именно в этой республике.

Сословно предки Хубеевых, скорее всего, были свободными горцами-земледельцами или скотоводами. Среди осетин не было крепостного права в классическом русском понимании, поэтому фамилия не несёт отпечатка «крестьянской» или «дворянской» — это родовое имя, закрепившееся за целым кланом. Встречаются Хубеевы и среди современных спортсменов, деятелей культуры Осетии, что подтверждает живую историю фамилии.