Фамилия Хубецкая — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем разбор корня. Основа фамилии — Хубец — указывает на выходца из населённого пункта с корнем «Хуб-». Таких топонимов несколько: село Хубы в Словении, деревня Хубец в Польше, а также Хубцы (украинский вариант). Наиболее вероятная версия — польское или западноукраинское происхождение, где суффикс -ец образует название жителя по месту (ср. варшавянин → Варшавец). Фамилия Хубецкая — типичная «географическая» фамилия на -ский/-цкий, которая закреплялась за дворянами или шляхтой, владевшими землёй в таком селе, а позже — за их бывшими крестьянами, взявшими фамилию по названию усадьбы.

Сам корень «хуб» не имеет однозначного славянского значения. В польском языке «chuba» — это бедность, нужда, но вряд ли фамилию давали по такому малоприятному прозвищу. Скорее, корень дославянский, возможно, балтский или германский: в немецком «Hube» — надел земли, крестьянский двор. Тогда Хубец — владелец хутора или крестьянин, сидевший на хубе. Встречаются и чешские фамилии Hubec, Hubáček с тем же корнем, где huba — гриб, но для женского варианта Хубецкая это менее вероятно.

Форма Хубецкая — женский род от Хубецкий. Такое окончание характерно для фамилий польской шляхты (ср. Дембицкая, Замойская), но в XIX веке их активно носили и мещане, и крестьяне западных губерний Российской империи. Мужской вариант — Хубецкий — мог принадлежать человеку, который либо происходил из деревни Хубец, либо имел предка по прозвищу Хубец.

В современной России фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных регионах, что подтверждает миграцию с запада. Спорных версий немного: иногда корень связывают с тюркским «хуб» (хороший, красивый), но это натяжка — суффикс -ец нехарактерен для тюркских языков. Так что наиболее правдоподобное объяснение: Хубецкая — фамилия, образованная от названия небольшого поселения или земельного надела, а её носители — потомки людей, живших на хубе или в Хубце.