Фамилия Хубоншоев — редкий пример того, как географическое имя, профессия и восточная модель словообразования соединились в одной русской фамильной форме. Её основа — таджикское имя или прозвище Хубоншо, которое состоит из двух частей: «хубон» (красивые, добрые) и «шо» (царь, шах). В буквальном смысле Хубоншо — «царь красавиц» или «повелитель добрых». Это не имя в классическом мусульманском именослове, а скорее поэтическое, почти сказочное прозвище, которое могли дать человеку с яркой внешностью или властным характером.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который в восточнославянской традиции крепится к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. В данном случае исходная основа Хубоншо — через русское склонение превратилась в Хубоншоев, то есть «сын/потомок Хубоншо». Суффикс -ев здесь работает как типичный для русских фамилий патронимический маркер, хотя сама фамилия по происхождению — не крестильное имя, а прозвище.

Географически фамилия тяготеет к Таджикистану и районам, где исторически жили таджики и памирские народы. В Российской империи такие фамилии фиксировались в Туркестанском крае, среди оседлого населения, которое при переписях и воинском учёте получало русские фамильные окончания. Поэтому Хубоншоевы — это не дворянский род, а потомки крестьян, ремесленников или мелких торговцев из Средней Азии, чья фамилия сохранила память о предке с необычным прозвищем.

Редкость фамилии делает её ценной для генеалогии: носителей Хубоншоев немного, и они почти наверняка связаны общим корнем — выходцами из одного села или рода в Горном Бадахшане или долине Зеравшана. В отличие от массовых фамилий на -ов, эта не растворилась в статистике, а осталась локальной и узнаваемой.