Фамилия Хубоншоева — редкий пример фамилии, сформированной не от славянского корня, а от восточного имени с добавлением русского патронимического суффикса. Основа здесь — мужское имя Хубоншо, которое в таджикском и персидском языках складывается из двух частей: «хуб» (хороший, добрый) и «оншо» (господин, владыка). В буквальном переводе имя означает «добрый господин» или «хороший владыка». Это типичный для Центральной Азии антропоним, который мог давать ребенку в надежде на его благородный и мягкий характер.

Суффикс «-ева» указывает на то, что фамилия принадлежит женщине (в русской грамматической традиции) или образована от отцовского имени через форму принадлежности. Мужской вариант — Хубоншоев. Такая модель словообразования (восточное имя + русский суффикс) характерна для народов, вошедших в состав Российской империи и Советского Союза, особенно для таджиков, узбеков и памирских народов. Фамилия фиксирует факт, что предок носителя назывался Хубоншо, и это имя стало родовым.

Географически фамилия Хубоншоева чаще всего встречается в Таджикистане, особенно в Горно-Бадахшанской автономной области, а также среди таджикской диаспоры в России. Памирский регион известен сохранением древних иранских имен и обычаев, и Хубоншо — одно из таких имен, нередко встречающееся у шугнанцев или рушанцев. В метриках советского времени фамилию могли записать с окончанием «-ева» или «-ова» в зависимости от пола ребенка, что и закрепилось в паспортах.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Хубоншоева вряд ли относились к знати — скорее, к крестьянству или ремесленникам, так как в дореволюционной Средней Азии фамилии в русском понимании были редкостью и массово появились лишь после паспортизации 1930-х годов. Однако само имя Хубоншо несет в себе оттенок уважения: его могли дать человеку, который в своей общине слыл справедливым и добрым.

Сравнить фамилию можно с однокоренными, но более редкими вариантами: Хубоншоев, Хубоншоева — и с более распространенными аналогами вроде Худойназаров (от «худой» — бог, и «назар» — взгляд). Отличие Хубоншоевой в том, что корень «хуб» — не религиозный, а этический, что делает фамилию «говорящей» о личных качествах предка, а не о его происхождении или профессии.