Фамилия Хубраков — редкий случай, когда прозвищное имя образовано не от славянского корня, а, скорее всего, от тюркского. Основой послужило слово «хуб» или «хоб» — в ряде тюркских языков (например, в татарском, башкирском, казахском) оно означает «хороший», «добрый», «пригожий». Суффикс «-рак» в этих языках — сравнительная степень: «хубрак» буквально переводится как «получше», «добрее», «более красивый». Так могли прозвать человека в качестве ласкательного или ироничного имени — либо действительно добродушного, либо, напротив, того, кто сам себя считал лучше других.

Модель образования фамилии стандартная для русского ономастикона: тюркское прозвище Хубрак + русский патронимический суффикс «-ов». Это указывает, что предок носителя фамилии носил это прозвище, а его потомки стали Хубраковыми. Фамилия закрепилась, скорее всего, не в центральных русских губерниях, а на территориях, где веками шли активные контакты с тюркским населением: в Поволжье, на Урале, в Приуралье или в южных степных регионах. В этих местах фамилии на тюркской основе не редкость, и Хубраков стоит в одном ряду с более частыми Хуббатовыми, Хузиными или Хурамшиными.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным русским глаголом «хубрать» (в некоторых говорах — «убирать», «чистить» или «прятать»). В этом случае прозвище Хубрак мог получить аккуратный хозяин или, наоборот, скрытный человек. Однако тюркское происхождение выглядит убедительнее: в русских говорах глагол этот редкий и локальный, а тюркский корень «хуб» широко известен.

Фамилия немногочисленная. Встречается в основном в южных регионах России и в Казахстане, что подтверждает её связь с тюркской языковой средой. По сословной принадлежности предки могли быть как крестьянами, так и казаками — тюркские прозвища нередко носили и те, и другие. Если судить по конечному «-ов», фамилия не принадлежала к дворянским родам (которые часто оформлялись суффиксами «-ский» или «-ов» с иной историей), а формировалась в среде простого народа.