Фамилия Хубракова — яркий пример того, как редкое прозвище превратилось в фамилию, сохранив свою диалектную основу. В её основе лежит слово «хубарь» или «хубра», которое в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «горбун», «сутулый человек» или «неуклюжий, мешковатый». Корень «хуб-» родствен глаголу «хубить» — гнуть, клонить, делать горбатым. Таким образом, прозвище Хубарь или Хубрак давали человеку с характерной осанкой или, в переносном смысле, неловкому, нескладному.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Хубраков, то есть сын или потомок Хубрака. Женская форма Хубракова — это традиционное обозначение жены или дочери носителя фамилии. Суффикс -ак в основе (Хубр-ак) типичен для прозвищ, часто с оттенком просторечия или уменьшительности, как, например, в фамилиях Кожемяка, Рыбак.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где бытовало слово «хубра»: это юг России — Ростовская, Воронежская области, а также восточные области Украины. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для локальной ономастики. В отличие от распространённых фамилий, образованных от церковных имён, Хубракова несёт в себе прямую бытовую характеристику предка, без посредничества календаря.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Прозвища, описывающие внешность, чаще всего закреплялись в среде, где люди знали друг друга в лицо, а не за письменным столом. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не обнаружено — это верный признак её народного, «уличного» происхождения.

Современные носители фамилии, вероятно, потомки одного или нескольких родов, расселившихся в XIX веке. Несмотря на неблагозвучность исходного значения, фамилия не несёт негативного оттенка — она лишь фиксирует прозвище, которое когда-то дали предку за его внешнюю особенность.