Фамилия Хубутия — редкий для русского уха случай, когда окончание не указывает на славянское происхождение. Это чисто грузинская фамилия, и её разбор нужно начинать не с суффикса, а с географии и этнической принадлежности.

Основа фамилии — «Хубути». В грузинском языке суффикс «-иа» (или «-ия») — один из самых распространённых патронимических показателей, особенно в Западной Грузии (регионы Гурия, Имеретия, Мегрелия). Он означает «принадлежащий к роду» или «сын такого-то». Таким образом, Хубутия — это буквально «сын Хубута» или «из дома Хубути».

Сам корень «Хубут» (или «Хубута») — это личное имя или прозвище. Здесь есть две правдоподобные версии. Первая: от грузинского слова «хубу» (ხუბუ), которое в некоторых диалектах означает «драка», «ссора», «шум». Тогда «Хубута» — человек с буйным нравом, задира. Вторая версия связывает имя с мегрельским «хубу» — «добрый», «милый». Менее вероятно, но встречается мнение, что корень восходит к арабскому или тюркскому «хуба» (любовь), что могло прийти через соседние народы. Первая версия — с оттенком прозвищного характера — выглядит убедительнее, так как грузинские фамилии нередко возникали из бытовых характеристик.

Социальный состав носителей фамилии Хубутия был пёстрым. В Грузии эту фамилию носили как крестьяне (особенно в Гурии, где фамилии на «-иа» массово распространены), так и представители духовенства. Известно, что в XIX веке фамилия Хубутия фиксировалась среди княжеских и дворянских родов Гурии, хотя массовой элитной она не была.

В России фамилия появилась вместе с волнами миграции из Грузии в XX веке. Из-за непривычного звучания её часто коверкали: писали «Хубутьев», «Хубутин», склоняли по мужскому роду как обычную русскую фамилию (Хубутию, Хубутией), хотя по правилам грузинские фамилии на «-ия» не склоняются у мужчин.

Однокоренных фамилий в Грузии немного: Хубутия, Хубутишвили (с суффиксом «-швили» — «дитя»), а также более редкая форма Хубуташвили. Все они восходят к одному корню, что подтверждает: прозвище или имя Хубута было достаточно употребительным в определённых регионах.

Итог: фамилия Хубутия — западно-грузинская, патронимическая, образованная от прозвища, скорее всего, связанного с характером или поведением предка.