Фамилия Худаймуратов — один из ярких примеров того, как тюркские имена и прозвища, попав в русскую среду, обрастали стандартным для России суффиксом -ов. Если отбросить этот суффикс, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Худаймурат. Это сложное двухкорневое имя, типичное для народов Средней Азии, особенно для узбеков, туркмен и каракалпаков.

Первый корень — «Худай» (варианты: Кудай, Худа). В тюркских языках, испытавших влияние ислама, это слово означает «Бог», «Всевышний». Оно восходит к персидскому «хода» (خدا). Второй корень — «Мурат» (от арабского «мурад» — «желание», «цель», «воля»). Таким образом, имя Худаймурат дословно переводится как «Божье желание», «данный Богом» или «тот, кого пожелал Бог». Это имя-пожелание, распространённое в мусульманских семьях: родители как бы вверяли ребёнка высшей воле.

Фамилия Худаймуратов — относительно поздняя. Массово такие фамилии у тюркских народов стали фиксироваться в советское время, когда паспортизация требовала единообразной записи. До этого носители имени Худаймурат обходились без фамилии в современном понимании, используя отчества или родовые прозвища. Поэтому географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Туркменистану и прилегающим регионам России (например, к Оренбургской области, где исторически велика доля казахов и татар).

Словообразовательная модель проста: личное имя + русский патронимический суффикс -ов. В отличие от фамилий на -ин или -ский, здесь нет указания на профессию или место жительства предка. Худаймуратов — это буквально «сын (потомок) Худаймурата». Встречаются варианты написания с одной «т» (Худаймуратов) и с двумя (Худаймураттов), но нормативным считается первый, так как имя Мурат в основе пишется с одной «т».

Интересная деталь: в русской среде фамилия может показаться сложной для произношения, но её структура прозрачна для носителя тюркского языка. В некоторых диалектах первый корень может произноситься как «Кудай», и тогда фамилия выглядела бы как Кудаймуратов. Однако форма через «Х» более распространена и ближе к литературной норме.