Фамилия Худаймуратова — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, образованное от мужского имени Худаймурат. Это типичная патронимическая модель для тюркских народов, где к имени отца добавляли русский суффикс принадлежности, чтобы закрепить фамилию в документах Российской империи.

Основа фамилии — сложное имя Худаймурат, распространённое у башкир, татар, казахов, узбеков и других тюркоязычных мусульман. Оно состоит из двух частей: «Худай» (Бог, Всевышний) и «Мурат» (цель, желание, намерение). В целом имя можно перевести как «Божья цель» или «желание Всевышнего». Подобная конструкция (теофорный компонент + личное имя) типична для восточной антропонимии: Алламурат, Тенгримурат.

Географически фамилия Худаймуратова тяготеет к регионам, где сильны башкирские и татарские общины, особенно к Башкортостану и соседним областям Урала и Поволжья. Встречается она и у казахов, но реже. Мужская форма — Худаймуратов.

Словообразовательная модель с суффиксом -ов указывает на позднюю фиксацию фамилии, скорее всего в конце XIX — начале XX века, когда царская администрация массово приписывала русские фамильные окончания к именам инородцев. До этого носители имени Худаймурат обходились без фамилии или пользовались отчеством по отцу.

Примечательно, что в отличие от многих тюркских фамилий на -ов, здесь сохранилась полная, нередуцированная основа — Худаймурат, а не сокращённая форма типа Худай. Это говорит о том, что имя-основа воспринималось как единое целое, без дробления на прозвище. Сравните с фамилиями Худайбердиев или Худайназаров — там та же модель, но с другим вторым компонентом.

Встречается и вариант написания с одной «т» — Худаймуратова, но это скорее орфографическая ошибка, так как в имени «Мурат» конечная согласная твёрдая, и при склонении она не выпадает.