Фамилия Худбеева — женская форма, а её мужской вариант — Худбеев. Сразу заметна необычная конструкция: основа «Худбе-» встречается редко, и это не случайно. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, образованная от сложного имени. В тюркских языках компонент «худ» восходит к персидскому «хода» или «худа» — «Бог», «господин». Вторая часть «-бей» — тюркский титул, означающий «князь», «господин», «владыка». Таким образом, имя Худбей (или Худабей) буквально переводится как «божий господин» или «владыка от Бога» — типичное для мусульманской традиции имя-пожелание, подчёркивающее божественное покровительство.

Русский суффикс -ев присоединился к основе Худбей, образовав фамилию по модели «чей?» — то есть «сын Худбея». Такая адаптация тюркских имён через суффикс -ев (а не -ов, потому что основа заканчивается на мягкий согласный) широко распространена у народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии, входивших в состав Российской империи. Встречается фамилия преимущественно у татар, башкир, кумыков, а также у представителей других тюркоязычных групп.

Любопытная деталь: написание через «е» после «д» (Худбеева, а не Худбаева) указывает на то, что в исходном имени гласный во втором слоге был редуцированным или узким — в тюркских языках это мог быть звук, близкий к «и» или «е». В русской записи он закрепился как «е», что делает фамилию отличимой от возможного варианта Худбаев (с более открытым «а»). Если бы основа звучала как Худабай, суффикс был бы -ев, но написание с «а» во втором слоге встречается реже.

Социальный контекст: носители фамилии Худбеев, как правило, происходят из слоёв, где тюркские имена с титулом «бей» указывали на принадлежность к знати или уважаемым родам, хотя со временем фамилия стала просто наследственной. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такую фамилию можно найти среди крестьян и мещан, что говорит о её демократизации.

Однокоренные фамилии — Худобердин, Худайбердиев, Худайназаров — построены по схожему принципу с компонентом «худай» (Бог). Но Худбеев выделяется краткостью: в ней нет второго корня, как в Худайбердиев («Бог дал»), — только прямое указание на господина.