Фамилия Худочёнок — редкий пример восточнославянской фамилии с западноукраинским или белорусским отпечатком. Её сразу выдает суффикс -ёнок, характерный для фамилий, образованных в зоне влияния польского и белорусского языков (сравните: Ковалёнок, Гусёнок). В русском языке та же модель чаще выглядит как -ёнков (Худоченков) или -яткин. Так что перед нами, скорее всего, фамилия с территории современной Беларуси, западной Украины или юго-западных областей России (Брянщина, Смоленщина), где такие суффиксы прижились.

Основа — Худоч- — восходит к прозвищу Худок или Худоч. Корень «худ-» в древнерусском языке имел два основных значения: «тощий, слабый, невзрачный» и «плохой, негодный, бедный». Прозвище Худой давали человеку с заметной худобой, а также бедняку или неудачливому работнику. Форма Худок — это уменьшительно-ласкательный вариант: «маленький худой» или «сын Худого». От неё при помощи суффикса -ёнок (означающего «потомок, детёныш») и получился Худочёнок — буквально «внук или сын Худока».

Интересно, что фамилия избежала типичной русификации: в метрических книгах XIX века её могли записывать по-разному — Худоченок, Худочёнок, а в некоторых переписях встречается вариант Худочинок. Это говорит о том, что носители фамилии жили в регионах, где долго сохранялась живая белорусская фонетика, и чиновники не переделывали окончание на русский лад.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не дворянская: в родословных книгах она не фиксируется, и её прозрачная, бытовая основа указывает на среду, где прозвища давали по внешности или положению, а не по землевладению. Сравните с однокоренными Худяков, Худенко, Худолей — все они из одного гнезда, но Худочёнок стоит особняком благодаря редкому суффиксальному оформлению, которое сразу выдает западнорусское происхождение.