Фамилия Худоченко образована от прозвища Худок (или Худик), которое восходит к прилагательному «худой». В старом русском языке это слово имело два основных значения: «поджарый, худощавый» и «ветхий, дырявый». Чаще всего прозвище отражало особенности внешности: так могли назвать человека с худощавым телосложением, и эта версия выглядит наиболее правдоподобной.

Однако именование Худик могло указывать и на социальный статус. В крестьянской среде «худым» нередко называли бедняка, того, кто относился к скудному сословию и жил в нужде. Здесь прозвище работало как характеристика имущественного положения, а не внешности.

Существует и третья, более неожиданная версия, связанная с охранительной магией имени. Нарекая младенца Худиком, родные могли желать обратного: чтобы ребенок прожил жизнь в достатке и не терпел нужды. Считалось, что «плохое» имя отведет от человека зависть и сглаз, и он вырастет здоровым и богатым. В этом случае прозвище выполняло роль оберега.

Словообразовательная модель фамилии указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -енко — типичный патронимический формант, который означал «сын, потомок такого-то». Если в великорусских землях преобладали фамилии на -ов и -ин, то на территории современной Украины и прилегающих областей именно форма с -енко закрепилась как основная. Таким образом, Худоченко — это буквально «сын Худока».

Прозвище Худик закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив в быту крестильное имя, и со временем легло в основу фамилии. Потомки человека с таким прозвищем получили фамилию Худоченко, которая со временем закрепилась и передавалась уже по наследству, не имея отношения к реальной внешности или достатку носителя. Сейчас фамилия встречается преимущественно в южных регионах России и в Украине, что подтверждает её региональную привязку.