Фамилия Худомака — редкий образец того, как украинская прозвищная система могла «схлопнуть» целую характеристику человека в одно слово. В основе лежит украинское прилагательное «худий» (худой, тощий) и глагол «макати» (макать, обмакивать). Скорее всего, так в быту называли очень худого человека, которого в шутку сравнивали с чем-то, что постоянно макают — например, с кисточкой, пучком соломы или тряпкой. Прозвище строится по той же модели, что и известные украинские фамилии Непийвода, Покотигорошек: это целая фраза, ставшая именем.

Ударение в фамилии падает на последний слог — Худома́ка, что типично для южных говоров. Морфологически это чисто украинское образование: суффикс -а (вместо русского -о) указывает на лицо мужского пола, а основа представляет собой глагольно-именное сочетание. В русском языке аналогов почти нет, разве что фамилии вроде Худяков, но там модель проще — от имени или прозвища Худяк.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. В России встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев с Украины в XIX веке. Сословного барьера не было: прозвище могли дать как крестьянину, так и казаку, но из-за шутливого оттенка оно вряд ли попало бы в дворянские родословные книги.

В ономастических словарях фамилия не описана подробно, но её можно уверенно отнести к группе «прозвищ по внешнему виду», которые особенно популярны на Украине. Единственный спорный момент — не стоит путать её с фамилией Худомаз (от «мазати»), где корень другой. Худомака — это именно про худобу, доведённую до комичного образа.