Фамилия Худоева — женская форма фамилии Худоев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Худой. Вопреки бытовому значению, прозвище Худой в старину чаще всего не указывало на худощавое телосложение. В древнерусском языке слово «худой» имело более широкий спектр значений: «плохой», «негодный», «слабый», «бедный», а также «маленький» или «незначительный». В народной среде такое прозвище могли дать невысокому человеку, либо младшему сыну в семье (по аналогии с именем Меньшой), либо, в охранительной традиции, чтобы «сглазить» и отвести от ребенка беды — считалось, что если назвать сына Худым, злые силы не позарятся на него.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Худоев — это буквально «сын Худого». Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный (д'). Это стандартная модель для русских фамилий, закреплённая в официальных документах после отмены крепостного права, когда многие крестьяне получили фамилии по имени или прозвищу отца.

Фамилия Худоев встречается относительно редко и имеет выраженную региональную привязку. По данным современных исследований, основная масса носителей сосредоточена в Северной Осетии — Алании и в соседних регионах Северного Кавказа. Это объясняется тем, что фамилия могла быть русифицированной формой осетинской фамилии, образованной от имени Худой (возможно, тюркского или арабского происхождения, где «худ» означает «Бог»). В таком варианте корень не имеет ничего общего с русским прилагательным «худой», а восходит к персидскому «хода» (Бог, господин). Вторая, менее распространённая версия — фамилия могла возникнуть у русских переселенцев на южных рубежах, где прозвище Худой закрепилось в документах казачьих станиц.

Таким образом, перед нами фамилия с двойной этимологией: либо «сын бедного/плохого» в русской традиции, либо «потомок Худа» (Божьего человека) в осетинской. Выбор версии зависит от конкретной семейной истории, но для большинства современных носителей фамилии Худоева более вероятна кавказская основа.