Фамилия Худоёров образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени через суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Худоёра). Основа здесь — Худоёр. Это сложное слово, состоящее из двух корней: «худо» (в значении «плохо», «с трудом», «едва») и «ёр» (от глагола «ерать» — браниться, ссориться, или от «ёрзать» — вертеться, суетиться). В русских говорах «ёр» также могло означать задорного, беспокойного человека.

Прямое значение прозвища Худоёр — «плохой сварщик», «тот, кто плохо бранится» или, что вероятнее, «тот, кто едва ёрзает», то есть медлительный, неловкий в движениях человек. Однако у слова «ёр» есть и другое, более тёмное значение — в диалектах «ёр» называли бранчливого, вздорного человека. Тогда Худоёр — это «скверный задира», «тот, с кем трудно ужиться». В любом случае, прозвище не было комплиментарным: его давали за заметную черту характера или поведения, скорее всего, за неуживчивость или медлительность.

Фамилия редкая и, судя по окончанию на -ов, сформировалась в центральных или северных русских землях, где закрепилась патронимическая форма. В южных и западных регионах (Украина, Белоруссия) чаще встречались бы варианты на -енко или -ук. Интересно, что фамилия могла возникнуть и как охранительное имя: в старину родители намеренно давали ребёнку «плохое» прозвище (Худоёр, Некрас, Нелюб), чтобы отвести от него злых духов — считалось, что такое имя сделает его незаметным для нечистой силы.

В документах фамилия не фиксируется вплоть до XIX века, что говорит о её крестьянском происхождении: дворянские роды с такой основой не встречаются. Носители Худоёровы — потомки людей, получивших прозвище за свой нрав или внешность, и фамилия эта, как и многие русские фамилии, хранит в себе отголосок живой разговорной речи, где «худо» и «ёр» складывались в точный портрет человека.