Фамилия Худояров ведет начало от личного прозвища Худояр. Это составное имя, где первая часть — прилагательное «худой» в значении «плохой, дурной», а вторая — древнерусское «ярый». Слово «ярый» в старину имело широкий спектр значений: от «огненный, пылкий» и «горячий» до «сердитый, злой» и «крепкий, сильный». Такая многозначность породила и разные толкования прозвища.

Наиболее вероятно, что Худояром называли человека вспыльчивого, с тяжелым, злым нравом — того, чей гнев был «худым», то есть дурным и опасным. Вторая версия связывает прозвище с внешностью: «ярый» могло означать «светло-рыжий, огненный», и тогда Худояр — человек с некрасивыми, «плохими» рыжими волосами. Третья, менее распространенная гипотеза, видит в прозвище указание на «худую ярость» — то есть силу, направленную во вред, жестокость.

Сама модель образования фамилии проста и типична для русских родовых имен: к основе Худояр добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность к отцу. Первоначально Худояров — это «сын Худояра», а со временем форма закрепилась как фамилия. По такому же принципу возникли и другие фамилии от двукоренных прозвищ, например Доброхотов или Пустовалов.

Важная деталь, которую часто упускают: имя Худояр встречается и в татарской среде, где оно могло иметь иное происхождение — от тюркских слов «худай» (бог) и «яр» (друг, близкий). В этом случае первоначальное значение было бы «друг бога», но для русской фамилии Худояров такое толкование вторично. В русских говорах прозвище явно сложилось на местной почве, о чем говорит прозрачная внутренняя форма слова.

Прозвища с корнем «худ-» в старину не несли оттенка оскорбления. Худым называли не только плохого, но и слабого, больного, а иногда и просто некрасивого человека. В сочетании с «ярым» смысл смещался в сторону характера, а не физических качеств. Поэтому в основе фамилии чаще всего лежит характеристика поведения, а не внешности.