Фамилия Худоярова происходит от прозвища Худояр. Скорее всего, основой для него послужили слова «худой», т.е. «плохой» и «ярый» в одном из следующих значений: «огненный, пылкий», «сердитый, злой», «крепкий, сильный», «скорый, бойкий», «горячий». Таким образом, Худояром могли называть и человека со светло-рыжими волосами, и вспыльчивого, и жестокого. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худояр, со временем получил фамилию Худоярова.