Фамилия Худоярова — женская форма фамилии Худояров, и разбирать её нужно через мужскую основу. В её сердце лежит прозвище Худояр, которое складывается из двух древнерусских корней: «худой» (в старину — «плохой», «слабый», но также «тощий») и «ярый». Второе слово в древнерусском языке было многозначным: так говорили об огненном, пылком человеке, о сердитом и злом, а также о крепком, сильном и бойком. От того, какое из значений вкладывали в прозвище, зависел и характер человека.

Соединение «худой» и «ярый» звучит почти как оксюморон, и это даёт простор для версий. Если «ярый» понимать как «огненный, горячий», то Худояром могли прозвать человека со светло-рыжими волосами — словно выжженного внутренним пламенем. Если же «ярый» означало «сердитый, злой», прозвище указывало на тяжёлый, вспыльчивый нрав, возможно, даже жестокость. Третья трактовка — «крепкий, сильный» — превращает Худояра в человека могучего сложения, но, возможно, не слишком пригожего лицом. Слабее выглядит версия, где «худой» понимается буквально как «тощий»: тогда прозвище описывает худого, но очень энергичного человека.

Важно понимать, что прозвище Худояр не было оскорблением в современном смысле. В крестьянской среде имена-характеристики давали не для унижения, а для того, чтобы отличить человека среди односельчан. Потомок человека с таким прозвищем получал фамилию Худояров, а женщина в роду писалась как Худоярова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально фамилия отвечала на вопрос «чей ты?» — из рода Худояра.

В русской ономастике фамилия Худояров стоит в ряду других «характерологических» фамилий, образованных от прозвищ с корнем «худ-»: Худяков, Худобин, Худорожков. Но добавление «ярого» делает её более яркой и редкой. Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, где такие двухкорневые прозвища были особенно распространены. Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках мало, что неудивительно: фамилия довольно редкая, и её история — это прежде всего история обычных крестьянских и посадских родов, а не дворянских династий.