Фамилия Худоерова — женская форма фамилии Худоеров, которая образована по одной из самых распространённых моделей: от прозвища или мирского имени через притяжательный суффикс -ов. Основа здесь — «Худоер». Разберём её: первая часть «худо» в древнерусском языке означала «плохо», «скудно», «бедно», а также могла указывать на что-то некачественное или злое. Вторая часть — «ер» — восходит к слову «еръ» (название буквы Ъ) или к корню, связанному с «ерник» (мелкий кустарник), «ерзать» (двигаться с трудом). Но в контексте прозвищ «ер» чаще всего означал «человек», «мужик» — в диалектах и в ономастике этот элемент встречается как суффикс или часть сложных имён (ср. фамилии Худяков, Худоногов, где «худо» — указание на бедность или слабость).

Прямое толкование «Худоер» — «плохой человек» или «бедняк». Однако в русской традиции прозвища с корнем «худо-» не всегда несли буквальный смысл. Часто их давали как охранительные имена: чтобы злые духи не позарились на ребёнка, его называли Худым, Худяком или Худоером — считалось, что такая «некрасивая» кличка отведёт беду. Вторая версия: прозвище могло относиться к человеку с плохим характером, угрюмому или сварливому. Реже — к тому, кто занимался скупкой или продажей плохого товара (например, некачественного зерна или скота).

Географически фамилия Худоеров (и Худоерова) встречается преимущественно в южнорусских и центральных областях — в Курской, Воронежской, Ростовской губерниях, а также среди донских казаков. Это указывает на возможное происхождение из среды крестьян или однодворцев, где такие «говорящие» прозвища были особенно распространены. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии (Худяков, Худоногов), но сам вариант Худоеров фиксируется реже, что делает его более редким и локальным.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в центральной России, а не на севере (где преобладал -ин) или в западных землях (где -ич, -ский). Таким образом, предок носительницы фамилии Худоерова — мужчина по прозвищу Худоер, живший, скорее всего, в XVI–XVII веках в одном из чернозёмных уездов. Точных данных о времени первого упоминания нет, но по модели образования фамилия относится к числу старых, сформировавшихся до петровской эпохи.