Фамилия Худаерова — женская форма фамилии Худаеров, и её разбор стоит начать с корня «худ-». В русских фамилиях этот корень чаще всего отсылает не к современному значению «плохой», а к древнерусскому прилагательному «худой» в значении «тощий, слабый, невзрачный». Так могли прозвать человека за внешность: худощавого, низкорослого или болезненного на вид. Однако вторая часть фамилии — «-ер-» — сразу настораживает: для русских фамилий этот суффикс нетипичен. Встречается он в основном в фамилиях тюркского или иранского происхождения, где «ер» означает «муж, мужчина» (ср. узбекское «ер» — земля, но в личных именах чаще «эр» — герой, муж). Скорее всего, основа «Худаер» — это восточное составное имя или прозвище, где «худа» восходит к персидскому «хода» (бог, господь) или тюркскому «худай» (бог). Тогда Худаер — «божий муж» или «божий человек», что для мусульманских культур было распространённым именем с религиозным подтекстом.

Словообразовательная модель фамилии типична для русификации нерусских фамилий: к основе добавили русский патронимический суффикс «-ов», а затем образовали женскую форму на «-а». Носительницы фамилии Худаерова, скорее всего, имеют предков из народов Поволжья, Средней Азии или Кавказа, где были распространены имена с компонентом «худа» (например, Худайберды, Худайкул). В русских документах такие фамилии фиксировались с XVII–XIX веков, когда татары, башкиры и другие народы переходили на оседлый образ жизни и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия редкая и тяготеет к регионам с татарским или башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она и в Дагестане, где форма «Худаеров» могла возникнуть под влиянием кумыкского или аварского языков, но там более вероятен суффикс «-ов» без тюркского «ер». Сравните с однокоренными фамилиями: Худайбердин, Худайназаров — они сохранили полную тюркскую форму, тогда как Худаеров — сокращённый вариант, где отпала часть имени.

Спорная версия: возможно, фамилия образована от русского прозвища «Худой Ер» — то есть «тощий Ер» (Ер — уменьшительное от Еремей или Ерофей). Но это маловероятно, так как прозвища с именем в родительном падеже («Ера») нехарактерны для русской ономастики, а суффикс «-ер» в русских фамилиях почти не встречается. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Сословно предки Худаеровой могли быть крестьянами или мещанами: фамилия не несёт дворянских или купеческих маркеров (суффиксы «-ский», «-ич» отсутствуют), а её основа указывает на простонародную среду, где имя давали по внешности или религиозному чувству.