Фамилия Хударов образована от прозвища или нецерковного имени Худар. Основа здесь — прилагательное «худой» в его древнем значении «тощий, слабый, невидный», а не современном «плохой». Суффикс -ар- в русских прозвищах встречается нечасто, но он характерен для слов, обозначающих человека по яркому признаку: например, «пузарь» (пузатый), «зубарь» (тот, кто скалит зубы, спорщик). Худар — тот, кого прозвали за худобу, тщедушное сложение или болезненный вид. Модель образования простая: основа Худар- плюс типичный фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Худара).

В ономастике есть версия, что в основе могло лежать тюркское слово «худа» или «хода» (господин, хозяин), но она менее убедительна: фонетика фамилии Хударов указывает на славянский корень, а тюркское влияние дало бы формы вроде Худайбердиев или Худайназаров. Кроме того, в русских говорах слово «худа́рь» фиксировалось как прозвище бедняка или неудачника — человека, которому постоянно «худо» (плохо).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где прозвища, описывающие внешность, были особенно распространены. Встречается она нечасто, и это позволяет предположить, что родоначальник был заметной фигурой в своей деревне — не столько по статусу, сколько по резкой внешней черте, которая закрепилась за ним и перешла потомкам. Сословных ограничений у фамилии нет: её мог носить и крестьянин, и посадский человек.

В написании стоит обратить внимание на чередование: в основе «худ-» при добавлении -ар- сохраняется твёрдый звук [д], поэтому фамилия пишется через «д», а не через «т». Ошибки вроде «Хутаров» встречаются, но они неверны с точки зрения словообразования.