Фамилия Худаяров — редкий случай, когда основа прозвища не просто «худая», а имеет тюркское происхождение. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не связан с худобой или бедностью, а восходит к татарскому или башкирскому имени Худаяр (варианты Ходаяр, Кудаяр). В переводе с тюркских языков оно означает «божий друг» или «любимец бога»: «худа» (кудай, хода) — бог, «яр» — друг, близкий человек. Имя было распространено среди мусульманских народов Поволжья и Урала, а фамилию Худаяров получали потомки человека по имени Худаяр.

Модель образования типична для русской адаптации тюркских фамилий: к основе Худаяр добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду («сын Худаяра»). Интересно, что в тюркской среде фамилию часто записывали как Худаяров, но в русских документах XVIII–XIX веков встречаются варианты Худаяров, Кудаяров и даже Худояров — последний мог путать с русским прозвищем Худой. Однако этимологически Худаяров стоит особняком.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Встречается она и среди казанских татар, и среди башкир, и у мишарей. В XIX веке носители фамилии были в основном крестьянами и ремесленниками, но встречались и купцы — особенно в уездных городах, где шла активная торговля с казахами и среднеазиатскими ханствами.

Любопытная деталь: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается однокоренное прозвище Худаяр, но не как русское, а как заимствованное. Это подтверждает, что фамилия не имеет отношения к русскому прилагательному «худой» — перед нами типичный пример, когда внешне знакомое слово в фамилии ведёт совсем к другому значению.