Фамилия Худжаяров — редкий пример, где основа напрямую связана с арабским титулом, а суффикс указывает на русский способ оформления фамилий. Разбирать её лучше с корня, который не сразу очевиден.

В основе лежит слово «худжа» — искажённая форма арабского «ходжа» (خواجة) или персидского «хваджа». В тюркских языках, через которые это слово проникло в русскую среду, оно означало «хозяин», «господин», «купец» или «наставник». В Средней Азии и Поволжье так называли уважаемых людей, часто торговцев или духовных лиц. Вторая часть — «яр» — восходит к тюркскому «йар» (друг, товарищ) или, в некоторых диалектах, к «яр» со значением «обрыв», «берег». Однако в фамилии Худжаяров «яр» скорее всего не самостоятельное слово, а часть сложного имени или прозвища: Худжаяр могло означать «друг господина» или «господин-друг», то есть прозвище, данное верному слуге или приближённому.

Суффикс «-ов» — стандартный русский патронимический показатель, означающий «чей?», «сын кого?». Фамилия образована от личного имени или прозвища Худжаяр, которое было распространено у татар, башкир и других тюркских народов. Встречается также вариант Ходжаяров, где корень передан точнее. Географически фамилия чаще всего фиксируется в Татарстане, Башкортостане и среди казанских татар, реже — у узбеков и казахов, но там она обычно остаётся без русского суффикса (Худжаяров — характерный признак русификации).

Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от купечества до крестьян, но само прозвище указывает на определённый социальный статус предка. В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов) или внешности (Белов), Худжаяров несёт отпечаток восточной иерархии и уважения. Спорных версий здесь почти нет — корень прозрачен, а суффикс типичен для русской ономастики XIX века, когда татарские имена массово адаптировали под имперские стандарты.