Фамилия Худжаеров — один из тех случаев, когда русский суффикс скрывает нерусскую основу. Её ядро — имя или прозвище тюркского происхождения, а окончание -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, при переходе на русское делопроизводство в XIX — начале XX века.

Основа «Худжаер» восходит к слову «ходжа» или «худжа» (арабско-персидское «господин», «хозяин», «наставник»). В тюркских языках, особенно в узбекском, таджикском и уйгурском, «худжа» — это уважительное обращение к учителю, купцу или потомку пророка. Форма «Худжаер» может быть местным вариантом имени Худжаяр (где -яр — распространённый тюркский аффикс, часто означающий «друг» или «любящий»). Таким образом, Худжаер — это прозвище или личное имя со значением «уважаемый господин» или «друг ходжи».

Модель образования проста: к основе Худжаер добавили русский патронимический суффикс -ов, который в русской традиции означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Фамилия Худжаеров буквально значит «сын Худжаера». Это типичная «русская» фамилия для выходцев из Средней Азии, которые получали её при записи в метрики или при переселении в центральные губернии.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным влиянием узбекского и таджикского языков — это Узбекистан, Таджикистан, а также южные области Казахстана. В России носители Худжаеровы встречаются преимущественно в крупных городах, куда мигрировали в советское время, но массового распространения фамилия не получила.

Отличительная черта — сохранение редкого для русской ономастики сочетания звуков «джа» в корне. Это выдаёт недавнее (по историческим меркам) вхождение в русский именослов. В отличие от фамилий на -ов, образованных от славянских прозвищ, Худжаеров не имеет вариантов с «двойным» суффиксом (вроде Худжаерский или Худжаерцев), что подтверждает его «прямую» патронимическую природу.

Если искать социальный контекст: предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком заметным в своей общине — либо торговцем, либо духовным лицом, либо просто уважаемым старшиной. Фамилия не несёт указания на ремесло или место жительства, она целиком строится на статусе.