Фамилия Хужаеров — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа восходит к арабскому слову «ходжа» (или «худжа»), которое через тюркские языки вошло в обиход народов Средней Азии, Поволжья и Кавказа. В разных культурах «ходжа» означало «господин», «хозяин», «учитель» или «почтенный человек», а у мусульманских народов — также потомка пророка Мухаммеда (сейида). В русской среде, особенно среди татар и башкир, слово закрепилось в формах «хужа» или «хозя», откуда и пошла фамилия.

Модель образования у Хужаерова — сложная и нестандартная. К основе «хужа» добавлен тюркский аффикс «-ер» (вариант «-ар», образующий имена деятеля или принадлежности), а затем русский патронимический суффикс «-ов». Получается цепочка: «хужа» + «ер» → «тот, кто относится к ходже» или «человек ходжи», а затем «-ов» — «сын такого человека». Это не типичная для русских фамилий модель: обычно суффикс «-ов» крепится прямо к основе (Хужаев), а здесь появился промежуточный элемент «-ер». Вероятно, фамилия возникла в среде, где тюркское словоупотребление было сильнее русского, — например, у татар или башкир, которые при оформлении фамилий в XIX веке сохраняли местные форманты.

Географически фамилия встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически были сильны татарские и башкирские общины. Встречаются и единичные случаи в Средней Азии, но там чаще пишут «Ходжаев» или «Хужаев». Вариант с «-еров» — скорее признак русификации: когда переписчики фиксировали фамилию на слух, добавляя «-ов» к уже готовой тюркской форме.

Социально предки носителя фамилии могли быть либо духовными лицами (муллами, учителями медресе), либо зажиточными крестьянами или купцами, которых называли «хужа» за уважение и достаток. В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов, Плотников), Хужаеров указывает на статус, а не на ремесло. Сравните с однокоренными фамилиями: Хужаев (проще, без «ер»), Ходжаев (более книжная форма), Хужин (с суффиксом «-ин»). Хужаеров стоит особняком — как пример того, как тюркская основа обрастала нехарактерными для русского языка суффиксами, но в итоге вписалась в стандартную патронимическую схему.