Фамилия Хужаева — одна из тех, чей корень уводит в тюркские языки и исламскую культуру Средней Азии. В её основе лежит слово «хужа» (варианты: ходжа, хожа, хўжа), которое в переводе с персидского и тюркского означает «господин», «хозяин», «владелец». В мусульманской среде это слово стало почетным титулом, который носили потомки пророка Мухаммеда, а также состоятельные купцы, землевладельцы и духовные лица. Таким образом, фамилия Хужаева указывает, что её первый носитель был либо потомком ходжей (то есть принадлежал к уважаемому роду), либо получил прозвище Хужа за богатство или влиятельность.

Окончание -ева — это стандартный русский суффикс, который превратил восточное прозвище в фамилию. По модели образования это типичная «притяжательная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: Хужаева буквально значит «дочь (или жена) Хужи». Такие фамилии массово получали народы Средней Азии и Кавказа в период вхождения в состав Российской империи, когда при переписях и паспортизации к местным именам добавляли русские окончания. Поэтому географически фамилия Хужаева наиболее распространена в Узбекистане, Таджикистане, а также среди татар и башкир.

Интересная деталь: написание через «у» (Хужаева) характерно для узбекского и таджикского произношения, где звук «о» в слове «ходжа» редуцируется. Если бы фамилия оформлялась через «о» (Хожаева), она указывала бы на более северные тюркские диалекты, например казахские или ногайские. Встречается и вариант Ходжаева — это та же основа, но адаптированная под литературную арабскую форму.

В социальном плане фамилия Хужаева не была крестьянской или простонародной. В дореволюционной Средней Азии ходжи составляли привилегированную прослойку: они не платили некоторые налоги, имели право на образование и часто занимали должности судей (казиев) или имамов. Поэтому предки современных Хужаевых с высокой вероятностью были грамотными людьми, связанными с религией или торговлей. Однако к XX веку титул «ходжа» стал использоваться шире, и его могли давать просто зажиточным домовладельцам, так что однозначно утверждать происхождение от пророка нельзя — это могло быть и прозвище по имущественному статусу.