Фамилия Худаев образована от прозвища Худай. В таком случае прозвище Худай выполняло так называемую «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого, здорового и счастливого мальчика, родители назвали его Худаем. Так и прозвище Худай закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Худаев.