Фамилия Худаев происходит от прозвища Худай, которое выполняло «охранительную» функцию. Это старинный славянский обычай: родители, желая уберечь сына от злых сил, нарекали его «плохим» именем, чтобы он вырос хорошим. Надеясь видеть мальчика красивым, здоровым и счастливым, его называли Худаем — этакая защита наоборот. Прозвище закреплялось за человеком как основное именование и со временем легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе Худай добавили типичный русский суффикс -ев, обозначающий принадлежность. То есть Худаев буквально означает «сын Худая», «из рода Худая». Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, она же встречается у множества других родов, образованных от личных прозвищ.

Важно не путать эту фамилию с однокоренными Худяевыми или Худовыми. Хотя корень у них общий — «худ» (в древнерусском языке означавший «плохой», «слабый», а иногда и «бедный»), пути образования могли различаться. В случае Худаевых мы имеем дело именно с охранительным именем-оберегом, а не с характеристикой внешности или достатка предка.

Впрочем, есть и другая, менее романтичная версия. В некоторых говорах «худай» могло быть прозвищем худощавого, сухощавого человека. Такое прозвище могли дать по внешнему признаку, без всякой магии. Обе версии имеют право на существование, но охранительная выглядит правдоподобнее: слишком уж часто в старину использовали подобные имена-обереги, чтобы отвести от ребёнка беду.

Безусловно, фамилия Худаев — замечательный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Прозвища часто переезжали вместе с носителями, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Худаев можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, включающих работу с архивными документами и метрическими книгами.