Фамилия Худаков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Худак восходит к аналогичному диалектному слову «худак», которое в старину означало «бедный человек, нищий». Тогда же существовала поговорка «Богатырь (богач) дивится, чем худак живится». Согласно этому, можно предположить, что такое прозвище указывало на социальный статус или материальное положение человека. Однако прозвище Худак могло выполнять так называемую «охранительную» функцию и использоваться в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Худаком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худак, со временем получил фамилию Худаков. О точном месте и времени возникновения фамилии Худаков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худаков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.