Фамилия Худакеева — женская форма фамилии Худакеев. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому или кавказскому личному имени Худакей (Худаке). В этом имени угадывается корень «худа» — бог, высшее существо (ср. персидское «хода» — бог, «худа» — господин). Суффикс -ей в тюркских именах часто выполняет ласкательную или уменьшительную функцию, поэтому Худакей можно перевести как «боженька», «божественный» или «господь мой». Такие имена давали с пожеланием божественной защиты или как оберег.

Русский суффикс -ев в фамилии указывает на патронимическое происхождение: «сын Худакея». Окончание -а в женском варианте — стандартная русская грамматическая норма. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «худой» (тощий или плохой), хотя внешнее сходство может подталкивать к ложной этимологии.

Географически фамилия Худакеева встречается преимущественно на Северном Кавказе и в Поволжье, среди народов, испытавших влияние ислама и тюркской культуры (кабардинцы, балкарцы, татары, башкиры). Встречается она и у осетин, где имя Худакей могло быть заимствовано из соседних языков.

В русских документах фамилия закрепилась относительно поздно — не ранее XIX века, когда горские и степные народы начали массово получать фамилии по отцу для учёта в имперской администрации. До этого носители могли быть известны только по имени и родовому прозвищу.

С точки зрения социального статуса предки Худакеевых — скорее всего, крестьяне или горские общинники, не принадлежавшие к княжеским или дворянским родам (у тех фамилии чаще оканчивались на -ов/ев, но имели иные модели образования). Однако точных данных о сословной принадлежности по одной фамилии нет — она ничего не говорит ни о богатстве, ни о знатности рода.

Если ваша фамилия Худакеева, то её корни уходят в среду, где имя ребёнку давали как молитву или оберег, а сама фамилия — память о человеке, которого звали «божественным».