Фамилия Худаева почти наверняка образована от прозвища или нецерковного имени Худай. В основе лежит прилагательное «худой» в его старом значении — не «тощий», а «слабый», «плохой», «неказистый». На первый взгляд звучит обидно, но смысл тут прямо противоположный. В народной традиции такие имена давали намеренно, как оберег. Родители, желая сыну здоровья и удачи, называли его Худаем, «отводя глаза» злым силам: считалось, что духи не позарятся на «плохого» ребенка и оставят его в покое. Так прозвище, призванное защитить, закреплялось за человеком на всю жизнь, а затем перешло в фамилию.

Словообразовательная модель простая и типичная для русских фамилий: к основе Худай добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность роду. Получается, что Худаева — это буквально «дочь или жена Худая», а в более широком смысле — человек из рода, основатель которого носил это имя. Форма женского рода, как у большинства русских фамилий, просто отражает грамматический род носительницы, тогда как мужской вариант — Худаев.

Важно не путать эту фамилию с тюркскими фамилиями, которые звучат похоже, но имеют другое происхождение. В татарском, башкирском или казахском языках есть имя Худай (вариант — Кудай), означающее «Бог», «Всевышний». В тех семьях фамилия Худаев (Худаева) восходит к этому имени и не имеет отношения к русскому слову «худой». Различить эти две линии по одному лишь написанию невозможно, тут нужны данные о географии и семейных преданиях. В русской же среде, где фамилия бытует давно, охранительная версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Встречаются и однокоренные фамилии — Худов, Худяков, Худяев. Все они выросли из одного корня, но разошлись по разным суффиксам. Худаев стоит ближе к старинной форме имени Худай, тогда как Худяков, например, образован от уменьшительного Худяк. Такое соседство лишний раз подтверждает, что основа была живой и употребительной в народной среде, а не случайным единичным прозвищем.

Какого-то одного знаменитого рода Худаевых, о котором писали бы в энциклопедиях, выделить нельзя, но это как раз типичный случай: большинство русских фамилий такого типа возникли в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда прозвища окончательно закреплялись за семьями и передавались детям. Так что предки Худаевых — обычные люди, которые выбрали для ребенка имя-оберег, и оно, минуя века, донесло до нас отголосок их веры в защитную силу слова.