Фамилия Худанова — это женская форма, а её мужской вариант, Худанов, произошёл от прозвища Худан. В основе лежит прилагательное «худой», но в старину это слово значило гораздо больше, чем просто «тощий». По словарю Даля, «худой» — это и «плохой, негодный, дурной», и «больной», а «худоба» определялась как «калечество, безобразие». Отсюда первая версия: прозвище Худан могли дать измождённому, больному человеку или калеке — то есть оно описывало физическое состояние.

Однако у этого прозвища есть и вторая, более интересная сторона. В народной традиции такие имена нередко выполняли «охранительную» функцию, служили оберегом. Родители, желая уберечь сына от злых сил, нарекали его Худаном в надежде, что мальчик вырастет красивым и здоровым: считалось, что имя-оберег отведёт беду. Так что прозвище могло закрепиться за человеком вовсе не из-за его внешности.

Существует и третья версия, связанная с омонимом. Слово «худоба» с ударением на втором слоге означало «всё наличное имущество: дом, двор, пожитки». В этом случае прозвище Худан могло указывать на зажиточного хозяина, владельца крепкого двора. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование: в говорах «худобой» называли именно движимое и недвижимое добро.

Словообразовательная модель проста: к основе Худан добавился типичный русский суффикс -ов, образующий фамилии от прозвищ, а затем появилось окончание -а для женского рода. По сути, фамилия отвечает на вопрос «чей потомок?» — потомок Худана. Среди однокоренных фамилий можно вспомнить Худякова, Худова, Худык, но Худанова выделяется именно суффиксом -ан, который в древнерусских именах часто придавал оттенок просторечия или ласки.

Точных сведений о географии фамилии в открытых источниках мало, но по модели образования она типична для центральной России и Поволжья, где прозвищные фамилии на -ов встречались особенно часто. Сословной принадлежности первых носителей мы не знаем: Худановы могли быть и крестьянами, и посадскими людьми. Сказать, какая из трёх версий верна для конкретного рода, невозможно — прозвище могло возникнуть независимо в разных местах и по разным поводам. Правдоподобнее всего выглядит первая, «охранительная»: она хорошо согласуется с известной русской традицией давать детям имена-обереги с отрицательным значением.