Фамилия Худанин напрямую связана с прозвищем Худаня, которое в старину давали не за худобу, а с прямо противоположной целью — как оберег. В крестьянской среде верили, что злые духи не тронут ребенка, которого назвали «плохо», поэтому, желая сыну здоровья и красоты, родители нарекали его Худаней. Такой «охранительной» традиции следовали по всей Руси, и со временем прозвище закреплялось за человеком как основное имя, а затем легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Худан- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально фамилия отвечала на вопрос «чей ты?» — сын Худани, потомок Худани. Это один из самых распространённых типов русских фамилий, характерный для северных и центральных регионов, где отчества на -ин конкурировали с более южными формами на -ов.

Интересно, что прозвище Худаня могло иметь и второе, бытовое значение — так иногда звали человека щуплого телосложения. Но в случае с фамилией Худанин именно «обережная» версия выглядит правдоподобнее: имен с отрицательной коннотацией в дохристианской традиции было много (Некрас, Нелюб, Злоба), и все они служили одной цели — уберечь ребёнка от сглаза. Если бы прозвище отражало реальную внешность, оно вряд ли бы так прочно закрепилось в роду.

В документах фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение. Носители фамилии — потомки тех самых Худань, чьи имена-обереги через века дошли до наших дней.