Фамилия Худашева — женская форма фамилии Худашев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Худаш. Это имя, в свою очередь, образовано от древнерусского нецерковного имени Худой. В Древней Руси имя Худой (или Худок) было распространено и не несло в себе современного негативного смысла: так могли назвать ребёнка, родившегося хилым, или, по распространённой суеверной традиции, дать «плохое» имя, чтобы обмануть злых духов и уберечь младенца. Уменьшительная форма Худаш (с суффиксом -аш, характерным для разговорной речи) закрепилась за конкретным человеком, а затем его потомки стали Худашевыми.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральной России: к основе на шипящий (-ш) добавили суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Таким образом, Худашев буквально означает «сын Худаша» или «принадлежащий Худашу». Встречается и параллельная, более редкая форма — Худашов, где ударение смещается на окончание, но фамилия Худашева пишется через «е» в суффиксе, что указывает на исходную форму с мягким произношением: Худаш — Худашев.

С географической точки зрения фамилия Худашева (и её мужской вариант) не относится к массовым, но имеет устойчивые очаги. По данным переписей и архивных записей XIX века, носители фамилии встречались в Поволжье, особенно в бывшей Казанской и Симбирской губерниях, а также в южнорусских областях. Это может указывать на то, что прозвище Худаш бытовало не только в великорусской среде, но и могло быть усвоено в смешанных этнических регионах, где русское имя легко адаптировалось к местной фонетике.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), Худашева — яркий пример «мирской» ономастики, когда в основе лежит бытовое прозвище, а не календарное имя. Никакой связи с тюркскими корнями (как иногда ошибочно предполагают из-за созвучия с «худа» — «бог» в персидском) здесь нет: этимология чисто славянская, восходящая к прилагательному «худой» в значении «тощий, слабый». Фамилия сохранила архаичную словообразовательную модель, и её носители могут быть уверены: их предки жили на Руси ещё в допетровские времена, когда личное имя Худаш было обычным делом.