Фамилия Худаконова — женская форма фамилии Худаконов, а та образована от прозвища или нецерковного имени Худакон. В основе лежит древнерусское прилагательное «худой» — в старом языке оно означало не только «тощий», но и «плохой», «слабый», «бедный», «незначительный». Суффикс -ак (-як) в русских прозвищах часто придаёт оттенок характерности: Худак — «худой человек», а Худакон — уменьшительная форма с суффиксом -он, как, например, в именах Иван — Иванок, Лазарь — Лазорок. Получается «маленький худенький» или «сын Худака». Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: чей? — Худаконов, то есть потомок человека по прозвищу Худакон.

Интересно, что фамилия Худаконов встречается в основном на юге России и на Украине — в воронежских, ростовских, харьковских областях. Там же бытуют однокоренные Худаков, Худак, Худяков. Но именно модель на -онов (вместо более привычного -ов) встречается реже. Она могла возникнуть из-за местного произношения: в говорах, где «акают», Худаконов произносили как «Худаконаф», а на письме путали суффиксы -ов и -ев. Однако в данном случае всё прозрачнее: основа на твёрдый согласный (-кон) даёт суффикс -ов, а не -ев, так что написание исторически верное.

Вероятно, предок носительницы фамилии получил прозвище за невзрачную внешность, бедность или слабое здоровье. В крестьянской среде такие имена-прозвища были обычными: Худак, Худой, Худяк — их давали не в обиду, а как оберег или просто по примете. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская, реже — однодворческая (служилые люди на южных границах). Дворянских родов Худаконовых в родословных книгах не зафиксировано.

Если говорить о редком суффиксе -он, то он встречается в фамилиях от прозвищ с уменьшительным значением: Жидконогов (от Жидконог), Толстоногов (от Толстоног). Худаконов стоит в этом же ряду, но с основой на качество, а не на часть тела. Это делает фамилию необычной: она не про ногу или руку, а про общую характеристику человека — «худенький».