Фамилия Худойёров — из числа тех, где ясна основа, но запутан путь в русский язык. Человек, носящий её, почти наверняка имеет корни в Средней Азии, и в самой фамилии «спрятано» имя или прозвище.

В основе лежит таджикское или узбекское имя Худойёр. Оно составное: первая часть «Худо» означает «Бог» (ср. персидское «Хода»), вторая «ёр» — «друг, товарищ, помощник». Вместе — «друг Бога», «Божий друг». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на божество, довольно распространённое в мусульманской среде. По смыслу оно близко к арабскому Абдулла («раб Бога»), но с другим оттенком — не рабства, а дружбы и близости.

Русский суффикс -ов, добавленный к основе, — классический способ русификации фамилий народов бывшего СССР. Он указывает на принадлежность: «сын Худойёра». Двойное «ё» в написании — особенность передачи таджикского/узбекского звука «йо» кириллицей. Встречаются варианты Худойяров, Худаяров, но исходная форма Худойёров — самая точная фонетически.

Географически фамилия тяготеет к Таджикистану и Узбекистану, особенно к Согдийской и Ферганской областям. В России она редка и встречается в основном у мигрантов или потомков смешанных браков.

Если сравнивать с однокоренными, то интересна параллель с фамилией Худобердиев. Там корень «берди» — «дал» (тюркское «берди»), то есть «Бог дал». А Худойёров — «Бог друг». Разница в один корень, а смысл разный: один — дар, другой — союз. Фамилия Худойёров, таким образом, несёт в себе не столько просьбу о ребёнке, сколько характеристику отношений человека с высшими силами — довольно редкий мотив для фамилий этого региона.