Фамилия Худоерко — редкий пример, где на стыке корней столкнулись два противоположных смысла. Её основа — «худо» (плохо, зло) и «ерко», которое восходит к украинскому «єрко» или «йорко» — ёрш, колючая рыба, либо к глаголу «єрзати» (ерзать, вертеться). В любом случае, первая часть фамилии не означает, что предок был плохим человеком: «худо» в древнерусских прозвищах часто указывало на бедность, слабость или даже на ироничную самохарактеристику («Худой», «Худяк» — человек небогатый, тощий). А «ерко» добавляло оттенок колкости, неуживчивости или подвижности. Получалось прозвище вроде «бедный, но колючий» или «худой ёрш».

Модель образования типична для украинских фамилий на -ко, которые в XVI–XVII веках массово возникали в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -ко здесь не уменьшительный, а патронимический или прозвищный: он превращал характеристику человека в наследственное имя. То есть Худоерко — это не «маленький Худой Ерш», а «потомок того, кого прозвали Худоерко». Географически фамилия привязана к Черниговщине и Полтавщине, откуда позже разошлась по южным регионам Российской империи.

В отличие от более распространённых Худяковых или Худобердиных, где корень однозначен, Худоерко — случай, когда вторая часть корня спорна. Есть версия, что «ерко» — это диалектное «єрко» от «єретик», но она слабая: для обозначения еретика в украинских фамилиях обычно брали форму Єресько или Єрко без «худо». Правдоподобнее, что прозвище дали рыбаку или человеку с характером ерша — отсюда и колючая, тощая ассоциация.

Интересная деталь: в старых метрических книгах фамилия могла писаться через «і» — Худоірко, что точнее передаёт украинское произношение. В русской канцелярии XIX века «і» заменяли на «е», так закрепился современный вариант. Сословно предки Худоерко почти наверняка были казаками или государственными крестьянами — в дворянских родословных эта фамилия не встречается.