Фамилия Худугуев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не тюркская, а монгольская или калмыцкая, что сразу отличает её от массы фамилий на -ев, образованных от тюркских прозвищ.

Разбираем словообразовательную цепочку. В основе лежит имя или прозвище Худугу. Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимии: «чей?» — Худугуев, то есть сын Худугу. Само имя Худугу в монгольских языках имеет прозрачную этимологию. Оно восходит к слову «худуг» (колодец) или к прилагательному «худугу» (колодезный). В степной культуре колодец — не просто источник воды, а жизненно важный ориентир, место стоянки, граница пастбища. Человек мог получить прозвище Худугу по месту жительства (у колодца), по профессии (копатель или смотритель колодца) или как имя-оберег, данное, чтобы жизнь была полноводной, как колодец.

География бытования фамилии подсказывает, что искать её корни нужно в регионах расселения калмыков (Калмыкия, Астраханская область) или бурят, а также у народов, испытавших сильное монгольское влияние. В русских документах фамилия могла закрепиться за представителями казачьих сословий или крещёными калмыками, перешедшими на оседлый образ жизни. Интересно, что в отличие от большинства фамилий на -ев, где основа — тюркское слово, здесь мы имеем дело с монгольским пластом лексики, что делает фамилию Худугуев маркером вполне конкретного этнического и культурного происхождения.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с диалектным тюркским словом «худу» (сильный, могучий) или «худуг» в значении «скупой». Но эта гипотеза слабее, так как монгольская параллель с «колодцем» более распространена в ономастиконе и лучше объясняет саму структуру имени-прозвища. Таким образом, предок носителя фамилии Худугуев, скорее всего, был степняком, чья жизнь или ремесло были связаны с водой и колодцами.