Фамилия Худуева — женская форма фамилии Худуев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа «Худу» восходит к тюркскому прозвищу или имени. В тюркских языках «худу» или «куду» может означать «слуга», «раб» (в контексте «слуга Божий»), а также «священный», «божественный». Встречается и другая версия: от слова «худой» — «слабый», «тощий», что могло быть прозвищем по внешности.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. По правилам русской ономастики, фамилии на «-ев» (как и на «-ов») обозначали принадлежность: «чей?» — сын Худуя. Это типичная патронимическая форма, широко распространённая среди народов, вошедших в состав Российской империи.

Географически фамилия Худуев (и Худуева) чаще всего встречается на Северном Кавказе, в частности среди чеченцев и ингушей. В этих языках «хьу» означает «сад», а «хьуду» — «садовник» или «тот, кто работает в саду». С учётом того, что вайнахские фамилии нередко образовывались от названий занятий, версия «садовник» выглядит наиболее правдоподобной. Фамилия могла закрепиться за родом, занимавшимся земледелием или уходом за фруктовыми садами в горных долинах.

С точки зрения словообразования, фамилия Худуева стоит в одном ряду с такими же тюрко-кавказскими фамилиями, как Кудуев, Будуев, Тудуев. В русской среде суффикс «-ев» часто заменял местные окончания, поэтому в документах XIX — начала XX века встречаются варианты написания: Худуев, Худуевых, Худуевы. Женская форма Худуева закрепилась в паспортной системе и не склоняется по роду, а лишь по падежам.

Таким образом, предки носительницы фамилии Худуева, скорее всего, были либо садоводами в Чечне или Ингушетии, либо людьми, носившими прозвище, связанное с религиозным или бытовым контекстом. Точное значение зависит от региона, но версия «садовник» подтверждается и местной топонимикой, и частотой фамилии на Кавказе.