Фамилия Худеева принадлежит к древнему пласту русских семейных именований, образованных от прозвищ. В ее основе лежит прозвище Худей, которое восходит к прилагательному «худой». В старом русском языке это слово имело более широкий смысл, чем сейчас, и означало не только «худощавый, поджарый», но и «хилый, болезненный на вид», а также «бедный, неимущий». Поэтому и прозвище Худей могли дать по-разному: либо тощему и бледному человеку, либо, что случалось гораздо чаще, бедняку, у которого «худо» с достатком.

Интересно, что имя Худей могло выполнять и охранительную функцию. В народе верили, что злые силы не тронут ребенка с «плохим» именем, поэтому, чтобы обмануть судьбу и отвести от младенца беды и болезни, его могли намеренно назвать Худеем. Считалось, что такое имя станет оберегом: назвали чадо «хилым» — а оно вырастет здоровым и крепким. Эта практика была широко распространена в дохристианской и раннехристианской Руси, и следы ее сохранились во многих современных фамилиях.

Сама фамилия образовалась по типичной для русских фамилий модели: к основе Худей добавился притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность роду. Первоначально форма Худеев означала «сын Худея», «потомок Худея». Со временем, когда фамилии закрепились и перестали склоняться по родам, у потомков мужчин появилась форма Худеева — по имени отца или деда.

Стоит отметить, что фамилия Худеева не имеет отношения к слову «худеть» в современном понимании. Это не фамилия, данная человеку, который похудел, а именно прозвищное имя, отражающее либо внешние черты, либо социальный статус, либо родительское пожелание-оберег.

Встречается эта фамилия в разных регионах России, но чаще всего в центральных и южных областях. В архивных документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о ее распространенности среди простого люда, а не дворянства. Дворянских родов с фамилией Худеевых в гербовниках не зафиксировано, что подтверждает ее «народное» происхождение.

Также существует версия, что в некоторых случаях фамилия могла быть образована от канонического имени Феодор (в просторечии Фёдор) через его уменьшительную форму. Однако эта гипотеза менее убедительна: фонетически переход от Фёдора к Худею сложен и не находит прямых подтверждений в диалектах. Основная и наиболее правдоподобная версия — происхождение от прозвища Худей, связанного со словом «худой».