Фамилия Худеев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Худей восходит к слову «худой» - «тот, кто худ телом, худощавый, поджарый и бледный, хилый, болезненный на вид, опалый». Однако Худеем не обязательно называли истощённого человека. Гораздо чаще прозвище Худей давали бедняку. Также не исключено, что фамилия Худеев образована от «охранительного» имени Худей. Но для того, чтобы не искушать судьбу и отвести зло, ребёнка могли намеренно назвать Худеем. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худей, со временем получил фамилию Худеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Худеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.