Фамилия Хухаркина — женская форма фамилии Хухаркин, а та, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Хухарка. В русской ономастике суффикс -к(а) часто указывал на уменьшительную или пренебрежительную форму, но мог закрепляться и как постоянное прозвище взрослого человека. Основа «хух-» здесь неочевидна и вызывает споры, поэтому стоит разобрать две основные версии.

Первая, и самая вероятная, связывает корень с диалектным глаголом «хухать» или «хухрить» — в некоторых говорах это означало «дуть», «пыхтеть», «тяжело дышать», а также «ворчать», «браниться». Отсюда «хухарка» — ворчунья, брюзга, либо человек, который пыхтит от работы или болезни. Прозвище могли дать не по характеру, а по внешнему признаку: например, запыхавшемуся, хрипящему или постоянно кашляющему крестьянину. Такие прозвища по физическим особенностям были распространены в северных и центральных губерниях России.

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию от тюркского корня «хух» (сухой, высохший) — в этом случае прозвище могло означать «сухощавый», «худой». Но для такой этимологии нет устойчивой словообразовательной модели на русской почве: суффикс -арк-/-арка нехарактерен для тюркских заимствований в русских фамилиях. Кроме того, фамилия Хухаркин не встречается в массовом порядке в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием, что косвенно подтверждает её славянское происхождение.

Географически фамилия Хухаркин (и Хухаркина) редкая. Основные следы ведут в Псковскую и Тверскую области, а также на юг Архангельской губернии — именно там фиксируются говоры с глаголом «хухать». Встречается она и в списках переселенцев в Сибирь конца XIX века, что типично для северных фамилий: носители уходили за Урал, унося с собой прозвище.

По сословной принадлежности предки Хухаркиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище по ворчливости или одышке вряд ли дали бы в привилегированном сословии. Фамилия сохранила бытовую, «низовую» лексику, которая редко попадала в официальные документы высшего света.