Фамилия Хуххунов — случай, когда написание говорит о произношении больше, чем кажется. Удвоенное «хх» в корне почти наверняка отражает не этимологию, а акающий говор или просто орфографическую фиксацию глухого гортанного звука. Скорее всего, исходная форма была Хухунов или Хухонов, а двойное «х» — это народная или писарская гиперкоррекция, стремление передать интенсивное произношение.

Основа фамилии — прозвище Хухун или Хухон. В русских говорах «хухун» — это нечто вроде «хмурого, насупленного человека». В словаре Даля есть глагол «хухнать» — хныкать, плакать, ныть, а также «хухрить» — хмуриться, сердиться. Таким образом, Хухун — прозвище по характеру: ворчливый, недовольный, плаксивый. Вторая версия, менее вероятная, — от тюркского или кавказского личного имени с основой «хух» (например, Хух — «синий, голубой» в некоторых тюркских языках), но для фамилии с русским суффиксом -ов это редкий случай, обычно такие заимствования дают иное оформление (Хухоев, Хухуашвили).

Суффикс -ов — стандартный патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Хухуна». Фамилия могла возникнуть в северных или центральных областях России, где аканье и редукция гласных сильнее всего сказывались на записи прозвищ. Встречается фамилия Хухунов (с одним «х») и её варианты — Хухонов, Хухнаев (от той же основы «хухнать»).

Прозвища по характеру — один из древнейших пластов русских фамилий. Хуххуновы вряд ли были боярским родом: такие фамилии обычно давали крестьянам и посадским людям, фиксируя внешнюю или поведенческую черту, которая бросалась в глаза окружающим. Двойное «хх» в современном написании — просто орфографический курьёз, не меняющий сути: фамилия рассказывает о предке, которого за глаза звали ворчуном или нытиком.