Фамилия Хукумова — редкий случай, когда основа не славянская и не тюркская, а арабско-персидская, причём с чёткой социальной окраской. Корень «хукум» восходит к арабскому حُكْم (хукм) — «власть, правление, суд». В языках народов Кавказа и Средней Азии, особенно в дагестанских и таджикском, это слово закрепилось в значении «власть», «начальство» или «приказ». Фамилию образовали по русской патронимической модели: к основе добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Мужской вариант — Хукумов.

Скорее всего, фамилия тюрко-дагестанского происхождения. Её носители — потомки человека, которого в XIX — начале XX века прозвали Хукум или Хукумат — то есть «властитель», «начальник», «судья». Прозвище могли дать сельскому старшине, кадию (шариатскому судье) или просто человеку с властным характером. Встречается фамилия преимущественно у лезгин, табасаранцев и других народов Южного Дагестана, а также у таджиков. В русских документах при советской власти такие фамилии записывали «на слух», отсюда возможны варианты Хукумов, Хукуматова.

Суффикс -ов здесь не родовой признак русского дворянства, а обычная русификация при фиксации в паспортах. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на шляхетское происхождение, Хукумова — фамилия крестьянская или горская, без сословных привилегий. Интересно, что в арабском слове «хукм» тот же корень, что и в «хаким» (мудрец, правитель) и «хакк» (истина, право). Так что в основе фамилии лежит не просто «начальник», а идея законной власти и справедливого суда.

Других версий, например от тюркского слова со значением «запах» или «дым», нет — это ложная этимология. Фамилия чётко привязана к арабскому заимствованию, которое в местных языках не потеряло административного смысла.