Фамилия Хукуматова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не профессия, а государственное учреждение. Корень здесь — слово «хукумат», что в переводе с таджикского и дари означает «правительство» (от арабского حكومة — «власть, правление»). В русском языке эта лексема закрепилась через языки Средней Азии, особенно в советский период, когда в Таджикистане и Афганистане так называли органы местной власти. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Хукуматов — буквально «сын (или потомок) того, кто связан с хукуматом». Женская форма Хукуматова — это грамматический вариант, а не самостоятельная фамилия.

Самая вероятная версия происхождения — фамилия возникла как «канцелярская», то есть присвоенная чиновнику или работнику государственного аппарата. В Средней Азии в 1920–1930-е годы, при создании новых советских республик, фамилии нередко давали по месту службы или должности. Человек мог получить прозвище Хукумат (или Хукуматов) просто потому, что работал в хукумате — исполкоме или правительственном здании. Менее вероятно, но не исключено, что основой стало личное имя Хукумат — такие имена (отвлечённые, вроде «Власть» или «Правительство») встречались в таджикской и афганской среде, хотя и редко.

Географически фамилия Хукуматова почти не встречается за пределами Таджикистана и прилегающих регионов Узбекистана. В России она единична и, скорее всего, принадлежит потомкам мигрантов из этих республик. По той же модели образованы фамилии Хукуматов (мужская форма) и, возможно, Хукуматович — но последнее уже не фамилия, а отчество, которое в русской традиции не передаётся по наследству.

Словообразовательный разбор прост: корень хукумат- + суффикс -ов + окончание -а (для женского рода). Ударение падает на второй слог: Хукума́това. Фамилия стоит в ряду таких же «бюрократических» фамилий, как Совминов (от «Совет министров») или Исполкомов, но в отличие от них сохранила исходное восточное звучание. Никаких данных о дворянском происхождении или древних корнях нет — это типичная фамилия XX века, возникшая в советском делопроизводстве.